運輸在整個物流中占有很重要的地位，總成本占物流總成本的35％-50％左右，占商品價格的4％-10％。運輸對物流總成本的節約具有舉足輕重的作用。會計學上將物流成本分為顯性成本和隱性成本。在我國現行的物流運輸方式中無論是自營物流，合營物流還
    是第三方物流，隱性成本占據了很重要的地位，這些隱性成本在物流運輸過程中主要包括以下幾個方面：返程或起程空駛：空車無貨載行駛，是不合理運輸的最嚴重形式。在實際運輸組織中，必須調運空車。但是，因調運不當貨源計劃不周，形成的空駛，是不合理運輸的表現。造成空駛的不合理運輸主要有以下幾種原因：依靠自備車送貨提貨，單程空駛的不合理運輸。由于工作失誤或計劃不周，造成貨源不實，由于車輛過分專用，無法搭運回程貨物。對流運輸：在同一線路上或平行線路上作相對方向的運送，而與對方運程的部分發生重疊交錯的運輸稱對流運輸。
    迂回運輸：舍近取遠的一種運輸。不選取短距離進行運輸，卻選擇路程較長路線進行運輸的一種不合理形式。
    重復運輸：直接將貨物運到目的地，在未達目的地之處，或目的地之外的其它場所將貨卸下，再重復裝運送達目的地，這是重復運輸。另一種形式是，同品種貨物在同一地點一面運進，同時又向外運出。過遠運輸：是指調運物資舍近求遠，近處有資源不調而從遠處調，這就造成可采取近程運輸而未采取，拉長了貨物運距的浪費現象。
    運力選擇不當：在于火車及大型船舶起運及到達目的地的準備、裝卸時間長，且機動靈活性不足，在過近距離中利用，發揮不了運速快的優勢，延長運輸時間。
    提高運輸決策的科學性
    在物流運輸決策中主要體現在這幾個方面：運輸方式的選擇，運輸服務商的選擇，運輸路線的選擇，運輸計劃編制及運輸能力配備等問題。
    最短路徑的運輸路線
    在路線的選擇中，運用最短路算法，大多根據距離來進行，但運輸路線最短并不是最優的選擇，要考慮兩地交通便利條件，路面狀況，兩地距離和運送成本。在算法中引進這樣的運算機制：將路徑的權數變成一種綜合評定指標：距離，現有的交通條件，交通工具，進行綜合評估選擇合適的路徑。在實際的運輸過程中我們可能會遇到下面的一些情況，選擇交通工具的時候雖然有著距離上的差距，選擇路徑，要與交通運輸工具結合起來，以及運送的速度和成本的關系。因此，選擇期望的運輸方式時，至關重要的問題就是如何平衡運輸服務的速度和成本，計算總的成本，按照成本最低的原則選擇合適的路線和運輸方式。開展中短距離鐵路、水路與公路分流，從而加大這一區段的運輸通過能力；充分利用公路從門到門和在中途運輸中速度快且靈活機動的優勢，實現鐵路運輸服務難以達到的水平；盡量發展直達運輸。直達的優勢，尤其是在一次運輸批量和用戶一次需求量達到了一整車時表現最為突出。通過運輸問題改進運輸調運
    對于運輸中雖然空車程運輸的事實很難改變，但對于這個的成本可以減少，需要對運輸公司來說可以通過完善計劃來減少這種資源的浪費，對于不同地方的不同運輸可以采用運輸問題來求解。減少運輸中空車和無貨運輸的現象通過運輸問題來解決，將出現空車的地點和需要的地點重新規劃使他們的空程運輸成本最小。按照成本最小和和減少隱性成本為目的，運用運籌學的方法來做決策。當然在實際的運用過程中還要考慮運輸產品的特性，包裝裝卸以及運送消耗的時間來考慮，這種方法也可以用來確定運輸所需要的總資源，比如，如果知道運輸公司的固定的運輸路線和運輸班次，就可以知道每天需要多少運輸工具，按照同樣的辦法來解決，這個方法對于運輸公司某個時期，某個項目，或者是固定運輸路線很實用。為了更好的解決空車運輸的問題，可以將運輸工具改進使它具有更大的柔性，通常情況下，比如在去往A地的車輛中可能會運送不同的物品，需要將車改進，進行集中調運的辦法，這需要做好市場需求預測與調配工作，同時要與運輸供應商保持良好的關系。
    發展社會化的運輸體系
    運輸社會化的含義是發展運輸的大生產優勢，實際專業分工。物流形成良好的第三方物流，形成一種物流產業，不僅提高整個供應鏈的效應而且還能夠促進物流產業本身的完善和發展。構建物流集團，增強國際抗爭能力。組建運輸物流集團公司，形成輻射全國鐵路、水運、公路聯運網絡，在速度、成本、管理上占據競爭優勢。建成全國商品物流配送中心，形成全國連鎖網點提供物流配送，同時還嘗試開展社會化物流配送服務降低成本，提高競爭能力。組建區域性倉儲集團公司，在主要港口碼頭和交通樞紐建立大型倉儲，適應日益擴大的物流量，為企業提供倉儲服務。建立物流信息網絡，為用戶提供配送、運輸、加工、倉儲、配送和技術咨詢為一體的新型物流信息。形成我國物流業競爭優勢，增強國際抗爭能力，壯大和發展我國物流業。物流運輸中的成本問題是我國商品成本中一項重要的指標，解決各項成本必須找出物流中的問題。科學的方法和手段，先進的信息技術是物流社會化的條件，因此科學技術和方法是解決物流問題的關鍵。