物流系統可以有多種操作模式，同樣也可以有多種組織形式，按照現行的發展情況，主要是以下三種形式：
 
　　1． 以貨主為核心，組織鐵路、海運運輸，即生產企業和商業企業承擔了供應物流的職責。
 
　　2． 以鐵路或海運承運人為核心，組織貨源，安排運輸，即生產企業和商業企業將干線運輸外包給承運部門。
 
　　3． 以第三方貨運代理為核心，組織貨源并安排全程運輸，實行全程“一條龍”服務。
 
　　在整個物流過程中，無論是貨主還是承運人都是必須存在的，由于各自具備的實力不同，致使其所處的地位不同。貨主的優勢在于有實實在在的貨源，而承運人則有物流比備的運輸工具，作為第三方的貨運代理卻可以提供溝通貨主與承運人各種服務，他們各司其職，發揮各自的能力，共同完成一個物流程序。究竟哪種組織形式最好，同樣要經過市場的檢驗，凡是能夠充分發揮各種優勢，創造最大效益的，就能成功并發展壯大。
 
　　物流系統中的電子商務
 
　　目前，在我國物流業快速發展的促動下，要求電子商務必須盡快完善其管理制度和規則，解決電子商務企業間合作的信譽保障以及安全等問題。 因此，物流體系無論采取何種形式的操作程序和組織形式進行運營，都應首先以市場為導向， 合理進行資源配置，以高科技信息化作為發展的核心手段，打破各部門、各行業和所有制的界限，建立規模合理、專業高效和有較強市場競爭力的物流服務網絡。
 
　　現代信息技術的發展為物流的操作打下了準確、快捷的良好基礎。高效的物流設施和運作，離不開每一個物流環節中的電子化管理和快速的電子信息傳遞。在物流系統中充分利用電子商務技術，不僅可以節省人力、物力、財力。還有高效、快捷的優勢，從而降低操作成本。通過網絡聯機操作。還可以隨時跟蹤物流操作進程，多方同時核準操作準確度。因此，電子商務的出現推動了物流體系的發展，而物流體系的不斷健全和完善，也為電子商務的廣泛應用提供了必要條件。物流和電子商務，必然實你中有我，我中有你，互相依賴，共同并存和發展，才能夠適應市場需要，快速也國際接軌，參與國際市場的競爭與合作