加強物流區域布局和區域間合作，通過區域物流一體化推動區域經濟一體化，從而有效實現區域內產業集群的形成和產業間互動發展。目前，我省基本形成泛哈大齊物流區域、哈牡綏物流區域、佳木斯城市群物流區域、邊境口岸國際物流區域四個物流區域。
泛哈大齊物流區域包括哈爾濱、大慶、齊齊哈爾、綏化、大興安嶺，輻射吉林省的白城市、松原市和內蒙古自治區的呼倫貝爾市。該區域有雄厚的產業基礎，綜合運輸網絡體系完善，以綜合物流、制造業物流、涉農物流、醫藥物流、石油化工物流、商貿物流等為合作發展重點。哈牡綏物流區域具備對俄貿易科技合作的基礎，形成了以鐵路、公路為主，以航空為補充的綜合運輸網絡體系。此區域覆蓋哈爾濱東南部的阿城、尚志、五常、牡丹江、七臺河、雞西，輻射吉林省的吉林、延吉，連接俄羅斯的濱海邊疆區，有著口岸國際物流、煤炭物流、商貿物流、涉農物流等合作發展優勢。
佳木斯城市群物流區域是以佳木斯為中心，集合雙鴨山、鶴崗、伊春三個資源型城市，構筑我省東北部城市群經濟區，輻射俄羅斯的猶太自治州、哈巴羅夫斯克邊疆區。該區域依托煤炭及煤炭轉化產業、現代農業、森工產業、口岸國際貿易產業等，發展以涉農物流、煤炭物流、林產品物流和口岸國際物流為重點的現代物流業，加強城市間聯系，整合各城市相關產業資源。
邊境口岸國際物流區域是根據邊境口岸的地理區位，將我省邊境口岸國際物流區域劃分為三個組團，構成全省邊境國際物流帶。一是綏芬河口岸物流組團。包括綏芬河口岸、東寧口岸、虎林口岸、密山口岸。其中綏芬河是東北亞最重要的陸路口岸城市之一，通過該口岸，經由俄羅斯海參崴、納霍德卡等海港，陸海聯運貨物可直達日本、韓國、東南亞等國家和地區，是東北亞國際物流最重要的通道。發展方向為口岸國際物流及物流加工貿易。二是同江口岸物流組團。包括同江口岸、富錦口岸、名山口岸、撫遠口岸、饒河口岸。發展方向為口岸國際物流、進出口加工貿易。三是黑河口岸物流組團，包括黑河口岸、遜克口岸、漠河口岸，連接俄羅斯阿穆爾州、赤塔州。口岸未來發展潛力巨大，重點發展口岸國際物流及國際物流加工。
