通關，一個進出口貿易中看起來很具體、很微觀的環節，對于航運中心的建設來說，卻是一個極為關鍵的部分。對于大連國際航運中心的建設來說，口岸的通關效率將直接影響到成敗。  
　　大連口岸作為我國東北最大、最繁忙的對外貿易和人員出入境口岸，既是東北改革開放的窗口，也是東北經濟區的門戶，以“一島三灣”和長興島兩大核心港區為主體的新的港口格局基本形成，對大連外向經濟的發展起到了集聚效應。目前，大連口岸通關效率在東北地區居于首位，社會對口岸軟環境滿意率達到90%以上。東北地區外貿貨運量的70％、外貿集裝箱吞吐量的90％都通過大連口岸實現，大連口岸已成為“東北亞重要的國際航運中心”的重要載體。 
　　啟動口岸通關社會監督機制 
　　11月8日，大連正式啟動口岸通關社會監督機制，聘任28名社會各界人士擔任大連口岸通關環境社會監督員，履行職責，切實擔負起對口岸通關環境各個環節的全方位監督的任務。社會監督員通過社會監督及時地發現問題，進行收集、整理、分析、研究，及時提出建設性或者批評性意見和建議，使得口岸行政和查驗部門能夠及時地采取相應的措施加以解決，不斷改進服務質量，也可為政府改善投資軟環境上出臺相應的政策提供決策性的參考依據。 
　　設置快速接單窗口 
　　為提高通關效率，大連海關推行了電子通關、區域通關等新模式，完善“提前報關、貨到驗放”、“選擇報關、口岸驗放”等便捷措施，在大窯灣查驗現場實行“快速通道”的基礎上，又設置了“快速接單窗口”，專門受理一些出口量大、能夠長期嚴格遵守海關法規、信譽較好的企業的申報。對于守法企業，海關進一步簡化單據核查程序，將監控的重點由臺前轉到后續核查和平時的抽查，并為一些企業量身定做了通關模式。 
　　開通出口貨物直通式電子報檢 
　　遼寧出入境檢驗檢疫部門實施了對出口生產企業“分類管理”和“快速核放”監管模式改革，大連地區有大連華錄等11家企業享受了該政策；改革出口貨物報檢模式，全面開通直通式電子報檢，目前出口直通式報檢達到100％，客戶可以節約半天時間；改進入境集裝箱監管程序，縮短了集裝箱在口岸現場滯留時間。邊檢部門推行了船舶預報預檢制度，預檢后的船舶即靠即作。海事部門實施了對來港船舶手續集中辦理，對載運危險貨物的集裝箱船舶實行即到即批，規范船舶簽證制度。 
　　推行電子通關驗放 
　　推廣電子口岸項目的應用，實現管理科學化、規范化、高效化。在大連，聯網報關、網上支付、無紙報關、通關單聯網核查等項目應用范圍不斷擴大，出口退稅、外匯核銷等系統平穩運行。檢驗檢疫部門實施了以數據監管為主、視頻監管為輔的監管方式；邊檢、海事部門也不同程度上實施了視頻監管。整個口岸電子通關驗放模式取得了良好效果。 
　　實現“一站式”通關 
　　大連航運交易市場是目前國內功能較全、集約化程度較高、設施較完備的航運交易市場，自2004年11月19日投入使用以來，率先實現了“一站式”通關和“一網式”物流交易服務，對促進客流、物流、信息流、資金流向大連集聚發揮了重要作用。2005年8月19日，增加了航運人才市場功能，在國內首次將航運交易市場和人才市場有機結合起來。 
　　海關和檢驗檢疫部門均在航運交易市場建立了報關報檢自動派單排隊系統；海事部門在航運交易市場將船員、收費發證，危險品申報、進出口岸、防污染證書發放、船舶申報等窗口業務合署辦公；邊檢部門在航運交易市場設立了電子觸摸屏以及“網上預報預檢”自助工作站，為事先沒有在網上預報預檢的客戶提供方便，這些做法得到了廣大客戶的好評。目前，航運交易市場平均每天接待客戶1500人次以上，海關總報關量40%以上、檢驗檢疫總報檢量60%以上、海事出口危險品100%在航運交易市場進行。 
　　實行“5+1天”工作制 
　　2005年9月，大連在東北地區率先推行“5+1天”工作制，在業務量大的口岸現場實行每周6天工作制。“5+1天”工作制的實施，使在大窯灣港區等地區形成的周末信息流、物流、客流擁塞現象得到了有效的緩解。目前，口岸查驗單位每個加班日受理業務量接近正常工作日平均水平的3/5，總體呈逐步上升趨勢。