運輸成本過高
目前我國的整體運輸價格普遍偏高。由于這方面的原因，抵消了花卉產業低生產成本的優勢。尤其是出口，其價格競爭優勢已經不再明顯，這迫使許多企業放棄了進軍國際市場的計劃。
據調查，目前廣東花卉主要是通過廣州白云機場出口，但運費較高。如廣州至洛杉磯的航空運費是45元/公斤，廣州至巴黎是30元/公斤，而相同航線外國航空的運費僅為廣州白云機場的二分之一。就是與國內的其他花卉主要產區相比，廣州的航空運費也比較偏高。例如，云南省就特別為花卉產品出口設立了“綠色通道”，實行航空、陸路聯運，實現了同航線的最低運價。
再看海運，以從佛山陳村花卉大世界出口一貨柜花卉產品為例，貨柜拖車從深圳港開到花卉大世界花場，裝好貨物回到深圳港需費用2500元。除此以外，還需繳納深圳港口碼頭費880元、碼頭建設費120元以及文件費15美元。這樣高的費用，制約了花卉企業的出口積極性。
缺乏環節配置
除了運價高之外，物流環節的配套服務與設施也嚴重不足。還是以廣州白云機場為例，對花卉產品的配套服務措施嚴重缺乏，如沒有儲運花卉產品的設備、貨物在辦理通關和檢疫過程中滯留時間過長、機場搬運人員沒有受過專業培訓。這樣，花卉產品經常受到各種損害，給花卉企業和花商造成損失。同時，在花卉產品運輸過程中，由于各種原因造成滯留時，不能及時予以冷藏，嚴重影響了花卉產品的品質。
花卉產品作為特殊商品，在運輸環節上的失誤對其品質影響較大。配套保護設施的嚴重缺乏，導致花卉產品不能得到保鮮處理，產品時常因不合格遭客商退貨。據一些花卉企業反映，通過各種運輸環節后到客戶手里的花卉品質下降了很多，主要表現在瓶插壽命縮短、鮮活度下降、等級降低，最后造成一定數量的花卉產品在到達貿易地后要降價銷售，甚至有時候還會造成部分產品報廢。
合力解決問題
解決好物流瓶頸，不僅是廣東花卉走向大市場的第一步，也是中國花卉發展壯大的重要助力。這首先要解決兩大問題，一是要解決國內運力不合理的結構，二是要切實解決航空運力不足問題，打破航空貨運壟斷下的高運價。
要解決好上述問題，當然不是一朝一夕之功、一人一地之力，需要多個相關部門、多個行業、多個地區、眾多企業的共同參與。目前有專家建議，應制定一個針對花卉產品的相關運輸費用收取標準，同時給予花卉出口企業運輸補貼，以降低花卉運輸過程中的成本；在一些新興市場開發方面，還應考慮設立專線價格補貼。
此外，對從事花卉運輸的公司實行資格認證，建立一套保障系統；對港口增加一些相對專用的貨位，以保障制冷和監察，及時發貨；還可以考慮建立花卉出口運輸的“綠色通道”，以達到快速、便捷的運輸目標。
種種難題的出現，市場也開始出現應對措施。如廣東國通物流城有限公司的建立，就是一個發展趨勢。于2005年投入運營的廣東國通物流城有限公司，投資建有配套公共保稅倉、出口監管倉、查驗場、植物熏蒸區、熱處理中心、安全農產品進出口交易中心等功能區域。初步具備了現代倉儲、專業配送、批量集散、快速通關、跨區轉運和報關、國際貿易等系統能力，為解決花卉產品物流配送和配套服務提供了新概念。通過這種專業的物流集團，花卉產品的運輸與貿易變得更加快捷，降低了運輸成本，產品的品質也得到了保障。
