民營物流企業逐步完成原始積累之后，在發展戰略、管理體制等方面已不能適應企業規模的擴張與發展，難以繼續高速增長。目前遭遇的難題具體表現在以下八個方面： 

一是稅收方面的問題。把物流環節集成整合、一體化運作，是物流企業的基本模式和優勢所在，提高了物流效率，節約了社會資源。但記者采訪發現，目前的稅務設計，對運輸和其他物流業務實行不同的稅率和增值稅抵扣政策，不僅不利于物流企業的一體化運作，而且會造成企業在實際操作中人為調節運輸收入和其他物流服務的收入比例。 

　　隨著專營物流業的“物業”公司快速發展，更多的物流企業采取了租賃倉庫的做法，但租用倉庫的租金成本卻不能在營業額中扣除。按照目前稅法的規定，盈利要繳納所得稅，而虧損只能由企業自身承擔。就集團型企業來說，無疑增加了稅務負擔。此外，我國缺乏與物流外包形式相對應的物流專用發票，外包業務發生的代墊費用無法在營業稅中抵扣，造成物流企業普遍性的不合理重復納稅現象。 

　　二是交通方面的問題。我國部分城市的物流企業送貨車輛進城配送需要貨車《通行證》，通行證發放和貨運車輛進城沒有統一明確的標準，從正規渠道遠遠無法滿足需要。同時，高速公路通行費及過路過橋費收費標準仍然偏高。 

　　三是分支機構設立難。一些地方規定，物流企業設立分支機構要在當地找“掛靠單位”，強行要求進入指定經營地點，硬性規定車輛臺數，不分企業狀況交納押金等。許多地方出于地方利益考慮，要求物流連鎖經營單位在當地重新登記注冊，不允許注冊非獨立核算的分支機構，嚴重制約了全國性物流企業的集團化與規模化進程。 

　　四是中小物流企業融資難問題。民營物流企業體制靈活，發展較快，自有資金遠遠不能滿足企業發展的需要，又缺乏相應的抵押物，融資難問題十分突出，部分民營物流企業通過民間借貸等非正規渠道融資，造成了企業經營的風險及國家金融秩序的混亂。同時，物流企業與貨主之間的應收賬款拖期問題也比較嚴重，造成物流企業資金周轉困難，加大了經營成本與風險。 

　　五是貨物的安全和保險問題。據了解，僅宅急送總公司每年在航空公司丟失的貨物價值就在100萬元以上。但根據目前規定，鐵路和航空部門最高僅按每公斤數元到20元的價格賠償，也常常不在保險公司標準承保范圍之內，物流企業不堪重負。 

　　六是缺乏統一的格式合同。物流作為新興行業，尚沒有行業專屬的標準格式合同和統一專用發票。背書的標準交易條款是物流公司單方自行制定的，得不到法律的承認與保護。貨運單據的不統一，也造成了企業信息管理的困難和行業內部信息的交換障礙。 

　　七是關于物流設施建設的配套問題。目前消防管理部門對倉儲消防標準的規定不符合現代物流的管理特性，如庫房每3000平方米就必須建造消防隔斷、自動噴淋設施，造成成本過高、在北方寒冷地區冬季不適用等問題。部分沒有納入統一規劃、但已經自發形成的運輸集散地的物流場站面臨拆除和清理，對民營物流企業影響很大。 

　　八是物流企業職工技能培訓以及社會養老和保險問題。據記者了解，盡管目前已有物流師和采購師等證書資格培訓，但企業大量需要的技能型人才缺乏有效的培訓體系與機制。現行社會保險政策與民營物流企業的經營管理特點也有一定差距，農民工社會保險存在投保地與居住地不一致的問題，農民工無法享受部分社會保障，而企業由于社保的投入用工成本卻大大增加。