一是物流系統效率低下，物流成本居高不下。目前我國每萬元GDP產生的運輸量為4972 噸公里，而美國和日本的這一指標分別為870噸公里和700噸公里。 　　物流系統運轉效率，主要反映在貨物在途時間、儲存時間、基礎設施勞動生產率等三個方面。在我國，公路貨車的運營速度不足50公里，營運汽車的單車年工作量僅為3萬噸公里左右，空駛率多年來保持在50%左右，而美國一輛貨車的工作量等于我國20輛車的工作量；我國原材料、半成品及產成品的在庫周轉時間平均在3到6個月左右。
　　調研顯示，我國許多商品總成本中，物流費用已占到20-40%, 每年因包裝造成的損失約150億元，因裝卸、運輸造成的損失約500億元，保管不善造成的損失在30億元上下，物流成本居高不下。
　　二是物流基礎設施不匹配，物流技術裝備水平低。在條塊分割、多頭管理的傳統模式影響下，我國各種物流基礎設施的規劃和建設缺乏必要的協調，因而配套性、兼容性差，導致系統功能不強。
　　我國物流系統一般技70% 是普通平房倉庫，現代化立體自動化倉儲設施比例較低，具有冷藏、保鮮、氣調的倉庫更少。在使用的搬運工具中，人工搬運車、手推叉車和普通起重設備占到70%以上，而可視屏叉車等現代化的搬運工具卻很少采用。第三方物流企業擁有的運輸車輛中，普通車輛占到70%以上，現代化的箱式貨柜和集裝箱拖頭及特種運輸車輛卻很少。
　　三是標準化建設滯后。物流是跨地區、跨行業的運作系統，標準化程度的高低不僅關系到各種物流功能、要素之間的有效銜接和協調發展，也在很大程度上影響著物流效率的提高。物流器具標準不配套，托盤標準化沒有推行，嚴重影響了物流的效率。
　　四是我國物流業管理體制和機制方面存在障礙。物流產業的發展涉及到基礎設施、物流技術設備、產業政策、投資融資、稅收與運輸標準等各個方面，分屬不同的政府職能部門管理，各職能部門對現代物流認識不足和缺乏統一協調的戰略思想，成為物流產業發展的主要瓶頸之一。