以往傳統的以物流職能為核心的物流組織結構，其各部門過于強調單一的、獨立的物流基本職能，忽視各個職能間的關系。而不同的物流職能之間存在著嚴重的目標沖突，具體有運輸成本與庫存量之間的交替損益、前置時間與運輸成本之間的交替損益、安全庫存量與庫存成本之間的交替損益、客戶服務水平與服務成本之間的交替損益等等。在這種結構中，各部門為追求職能目標而看不到全局的整體利益，也沒有一項職能對最終結果負全部責任，只有高層管理能看到全局，擔當協調的角色。因而，不同職能間利益以及視野的不同會導致職能間不斷地發生沖突，都極力強調各自重要性。同時，由于職能經理們看到的只是組織的一個狹窄的局部，及他們的職能所涉及的部分，因此，這種結構并不能給管理者帶來關于整個組織活動的廣闊視野。 
    正如良好的物流管理理念隨時間的推移在不斷改變，數十年來，物流活動的組織結構也從強調“物流職能”為核心轉變為強調“物流過程”為核心。目前一個明顯的趨勢是，物流組織正努力將他們的運作能力更好地支持以過程為導向的管理，而不受功能集成或分割的影響。在以過程為導向的水平組織結構中，當職務是圍繞小組而非個人來進行設計時，結果就形成了工作團隊。物流組織中自我管理的工作團隊具有更強的縱向一體化，它擁有更大的自主權。給自我管理工作團隊確定了要完成的目標以后，他就有權自主決定工作分派、工作作息和質量檢驗方法等。這些團隊甚至常常可以挑選自己的成員，并讓成員相互評價工作成績。 
    目前第三方物流服務供應商提供的服務大都是以物流項目的形式存在，物流團隊可以針對客戶綜合的、個性化的物流服務要求，按照客戶的特點進行物流過程縱向重組，形成綜合的、一體化的物流服務項目，從而和客戶的整個供應鏈的運作緊密結合。