3月22日，中國國民黨候選人馬英九、蕭萬長在臺灣地區領導人大選中以221萬票的領先優勢獲勝。也讓有些神經緊張的大陸人送了口氣。馬英九獲勝告訴媒體，將在5月20日就職以后，"探索"與大陸建立貿易紐帶的可能性,改善與大陸的貿易紐帶對臺灣地區企業和經濟有利。

早在2005年。9月2日，國民黨主席馬英九在接受東森亞洲新聞臺采訪時，首次提出了兩岸三通直航時間表，他承諾：“如果國民黨執政，兩年內一定完成兩岸三通直航”.馬英九承諾：“如果國民黨執政，兩年內一定完成兩岸三通直航”
2007年9月28日,馬英九重申兩岸三通的趨勢，明年若當選，一年內完成與大陸三通協議談判。未完成協議前，先行擴大包機范圍，挽救臺灣落后全球布局許久的頹勢。“明年若當選，一定在一年內與大陸完成直航協議談判。直航包含空運的客、貨運，有7處機場：桃園、松山、小港、花蓮、臺東、清泉崗，與北京至廣州10處機場共同開放；自假日包機逐漸擴大到非假日包機以及定期班機。至于海運方面，規劃高雄、臺中、基隆、安平、布袋港等。”
馬英九強調，大多數臺灣民眾都支持兩岸直航，因為大陸已成為世界的制造工廠和消費市場。如果實現直航，資金、人員、貨物當天就可以在兩岸間往返，不但將節省時間和金錢，還能幫助臺灣成為臺商的“全球營運中心”和外商的“亞太營運中心”，對臺灣的長遠發展十分有利。馬英九表示，自從連宋訪問大陸以來，大陸采取了許多積極的對臺政策，他也將盡一切努力改善兩岸局面。設置兩岸三通直航時間表就是這種努力的一個表現。
　　一直積極推動兩岸三通的大陸方面也做出了善意舉動，大陸民航總局2005年9月2日批準了長榮、中華、立榮、華信4家臺灣航空公司飛越祖國大陸空域的申請。
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