為重構政府權力，弱化部門利益，減少部門掣肘，避免政出多門、職能交叉等弊病，并且切實提高行政效率，降低行政成本的目的，國務院于本次機構改革會議中正式新組建5大部委，其中物流行業比較關心的就是交通運輸部（以下簡稱“運輸部”）。
新組建的運輸部涵蓋了原交通部、國家民航總局、國家郵政總局以及建設部指導客運的綜合職能。 
對于運輸部的組建，很多人認為打破了航空、水運、公路、郵政、城交等涉及運輸部門的部分分割，條塊分割，從而利于形成立體化的大交通。
然而對于現實意義的物流行業來說，雖然我們一直在呼喚綜合交通運輸體系的建立和完善，但是從本次運輸部的成立來看，只是簡單的功能疊加，責權的重新分配而已，運輸部也并不是眾多人幻想的促進物流發展新空間、加快綜合物流的發展步伐的靈丹妙藥。
中國物流不可能因為組建一個新的運輸部就取得行業大發展，更不能出現跨越式的發展。必須要承認，新組建的運輸部對于物流行業的發展有較大的促進意義，但是我們也必須要清醒的認識到它的局限性和負面作用：
一、交通運輸部，一種殘缺的美。
新組建的運輸部涵蓋了天空、公路、水運以及城市交通客運多個板塊的功能，具有一定的綜合性，是一個較大的進步，但是缺少管道運輸，尤其是鐵路運輸的交通運輸部絕對不能稱之為完美。在中國，航空運輸和水運都不是必備的常態運輸方式，而公路和鐵路運輸是最基本的交通方式，因此不管是何種理由而缺少了鐵路運輸這一重要環節，如何稱得上完美呢？
二、交通運輸部，運營機制的質疑點。
此次大部制改革，體現了三權分立的原則，即決策、執行、監督機制的應用。作為全國行業的主管部位在內部如何實現三權的有機運轉，是一個對國家宏觀部門的考驗，責權利的不均衡導致很難真正體現權利的相互制約和平衡，因此在運轉一段時間后，必然會重新走上官本位的道路，而背離建設服務性政府的出發點。
三、交通運輸部，內部權利的失衡。
作為之前的幾大部、局相互整合成立一個新的運輸部，必然導致的是權利的短暫失衡，在一段時間后，是否會出現不通專業出身的管理者為了各自主管的行業爭權奪利的局面？新組建的運輸部傾向于將水運、航空、公路、郵政分別單獨成立子局，由副部長兼任，在一定程度上較大了協調的難度。
四、交通運輸部，能夠走出歷次改革模式失敗的怪圈？
“精簡—膨脹—再精簡—再膨脹”，這就是我國歷次政府部門改革的軌跡，到最后往往不堪重負，推倒重新再來。作為交通運輸部新合并的多個專業部、局來說，第一部分管理者級別下降，但是權利并沒有變化，改革意義何在？第二相互之間必然會加大人員隊伍的建設力度，從而顯示自己的主管部分的重要性。最終人浮于事的情況比比皆是。
五、交通運輸部，最大的改革阻力所在。
“權力部門化，部門利益化，利益集團化”， 部門利益是改革的最大障礙和攻堅關鍵。此次改革與前五次最大的不同是，“大部制”方案中加入了“決策、執行、監督”分立的意圖。即對“三權”進行厘清、分立歸屬，并使其互相制約，形成良好的權力制衡與監督的運行機制；并不是簡單地把職能相近、業務雷同部門合并或拆減。但是觸及相關部位的利益底線是否能夠得到有效貫徹執行是令人深深懷疑的。
六、交通運輸部，大象還是猴子？
合并了多個部、局的運輸部現在給人的感覺更像是一頭巨象，雖然運輸行業的基礎理論是一樣的，但是作為管理部位來說，新的運輸部是否還可以像之前的部、局一樣，保持靈活性以及縱深性是值得深思的一件事情，如果僅僅是權利的疊加，而變成了一個臃腫的貴婦，從而喪失了對于運輸行業的宏觀有效調控和清晰的模塊規劃，那對于中國的綜合交通運輸而言，不亞于一場災難。
七、交通運輸部，審批流程及權限對物流行業的影響。
之前的民航總局對于所有涉及航空的事情都要管理，郵政總局對于郵政的業務也是一樣，而對于新的交通運輸部而言，可以講是多了一個婆婆而已，并且國家發改委也同時有個交通司，起到協調的功能。對于這種架構而言，是否意味著未來再組建新的航空貨代公司需要再多報一個層級，而在中國多一個層級就意味著多打通好幾個關系啊！時間以及金錢都將是巨大的浪費，無疑會降低想要進入這個行業的人士熱情。
同時，對于新組建的交通運輸部是否可以理解為，只要一個紅章，其他的運輸方式都可以操作了呢？并且對于快遞行業來說，針對郵政總局以后是不是可以直接向交通運輸部提請訴訟了呢？很多很多不明朗的事情，都是疑云一樣籠罩在物流人士的頭上。
八、交通運輸部，對物流行業影響因待產誤時而意義不大。
中國的物流行業已經基本完成了部局，除非有大的投資者進入，采取非常規的運作手法整合相關物流資源，會產生較大的變化外，按照正常的發展道路而言，出現較大波動性的可能性以及不存在。
言外之意是，中國現在對物流行業已經徹底實現了對外開放，因此全面競爭已經打響。同時大型國有物流企業也基本已經成型，而向中遠、中海提出的海運以及鐵路的誤會問題，那純粹是節點的問題，不代表兩個行業的問題，并且對于中遠、中海這種副部級單位而言，可以直接提出改革方案。而對于大型民營物流企業而言，其運作內容較為清晰，并且鐵道部對于鐵路貨運改革也是持歡迎態度，基本上可以憑借實力進行承包，而原有的交通部開放程度更為成熟。真正有難度的運輸方式是管道運輸，但是因為管道運輸的基礎性以及專用性，其實和我們通常理解的交通運輸有較大的差別，因此并不為人所關注。
因此，對于物流行業而言，無論是外資還是國有亦或是民營，都已經基本完成了部局，如果交通運輸部能夠在十年前，哪怕是五年前成立，都將會對現有的物流格局產生重大的影響，但是在今天一切都基本定局的情況才組建此部位，難免有應景之疑。
綜上所述，充分認識到交通運輸部組建后的積極意義，但更要清楚的知道它的弊端和局限性，只有這樣才能更好的做出發展道路的決策選擇，同時破除大部制的迷信思想，充分發揮其優勢避其劣勢，才能促進行業的大發展，乃至于跨越式發展。