杭州農副產品物流中心碼頭工程自2008年9月開工，2009年11月完工，新建500噸級泊位10個，含袋糧雜件、散糧、油脂泊位，設計年吞吐量98萬噸，2009年11月浙江省交通廳工程質量監督局對碼頭工程進行了質量鑒定，并對水工碼頭、陸域道路堆場、疏浚工程三個單位工程確定為優良工程。2010年1月8日，杭州農副產品物流中心糧食物流碼頭順利通過了交工驗收，為糧食物流碼頭的啟用奠定了基礎。

    該碼頭位于良渚鎮南莊兜村，緊鄰京杭運河，港區采用挖入式港池泊位布置，是杭州農副產品物流中心糧食物流的重要基礎配套工程，主要服務于杭州市城北糧食集散中心糧食類的運輸，能充分利用京杭運河水上大通道，發揮水路運輸量大、運價低的優勢，促進物流中心的糧食、農副產品的高效流通。

    2010年1月18日經杭州市港航管理局試運行備案后正式投入使用，先期投入試運行的泊位為1-6號泊位，目前已經運行1個多月。啟用至今貨物吞吐量達到近7000噸，主要是稻谷占90%，還有部分小麥，大部分來自江蘇占90%以上，其余一小部分通過上海中轉。貨物主要供應周邊東南面粉廠等三家企業用于生產大米和面粉，產品主要供給周邊地區。通過半年試運行后，整個碼頭將正式投入使用，預計今年貨物吞吐量將達到60萬噸。該碼頭將成為余杭區大型碼頭作業區之一，對保障杭州地區糧食的供應安全、完善余杭各港區的服務功能將發揮重要作用。