三十年間，廈門經(jīng)濟(jì)特區(qū)走過了一段跌宕起伏、波瀾壯闊的發(fā)展之路，廈門海關(guān)也和特區(qū)一道歷經(jīng)巨變，見證輝煌。 
　　離休老關(guān)長秦惠中說，1980年廈門海關(guān)建制收歸中央，實(shí)行垂直領(lǐng)導(dǎo)。1984年2月鄧小平同志到廈門視察后，廈門經(jīng)濟(jì)特區(qū)從原來的2.1平方公里擴(kuò)大到廈門全島（包括鼓浪嶼）。為適應(yīng)外貿(mào)業(yè)務(wù)發(fā)展需要，1984年7月，廈門海關(guān)從縣處級(jí)機(jī)構(gòu)升格為廳局級(jí)機(jī)構(gòu)。時(shí)任廈門市政府秘書長的秦惠中在之后不久受命擔(dān)任廈門海關(guān)關(guān)長。
隨著1980年、1983年廈門-香港客輪和班機(jī)相繼通航，廈門口岸進(jìn)出境旅客逐年增多，郵遞物品進(jìn)境開始大幅下降。據(jù)秦惠中回憶，開航之初，旅客攜帶的多為衣物、布料等，隨著百姓生活水平的逐漸提高，攜帶物品逐漸轉(zhuǎn)為家用電器。與此同時(shí)，廈門口岸的進(jìn)出境旅客也從1982年的數(shù)千人逐漸擴(kuò)大至1989年27萬余人。為確保旅客高效通關(guān)，廈門海關(guān)對(duì)旅客行李物品的監(jiān)管方式被定為“普遍開箱、重點(diǎn)抽查”，后來又引入X光機(jī)代替普遍開箱。1986年，海關(guān)實(shí)行紅綠通道，再一次簡化了通關(guān)手續(xù)。 
　　對(duì)外貿(mào)易在這一時(shí)期也開始發(fā)展起來，當(dāng)事進(jìn)口的主要是化肥、小麥、大米等物，出口則以陶瓷、茶葉等土特產(chǎn)為主。剛退休的廈門海關(guān)原調(diào)研員老肖回想當(dāng)年仍然記憶猶新。80年代初期，進(jìn)出口商品種類少，外貿(mào)企業(yè)僅有5家，因此，他和同事18人就負(fù)責(zé)了全廈門關(guān)區(qū)的進(jìn)出口通關(guān)業(yè)務(wù)，全是手工作業(yè)，計(jì)稅用的是算盤。1980年，廈門海關(guān)監(jiān)管貨運(yùn)量僅為81.98萬噸，稅收僅為1692萬元。
　　1985年以后，在特區(qū)優(yōu)惠政策的吸引下，外資企業(yè)開始進(jìn)駐廈門，保稅倉庫及保稅工廠、加工貿(mào)易等多種海關(guān)監(jiān)管業(yè)務(wù)應(yīng)運(yùn)而生，監(jiān)管量迅猛增長。廈門海關(guān)在海關(guān)總署的統(tǒng)一組織下，啟用了通關(guān)系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)電子化作業(yè)，同時(shí)建立起對(duì)來料加工業(yè)務(wù)的前期管理、現(xiàn)場監(jiān)管和后續(xù)管理“三位一體”的監(jiān)管體系，促進(jìn)了廈門外貿(mào)業(yè)務(wù)的健康快速發(fā)展。1999年，廈門海關(guān)監(jiān)管貨運(yùn)量達(dá)到1459.05萬噸，稅收也增至47.65億元。
　　特區(qū)新起點(diǎn)：海關(guān)發(fā)展新機(jī)遇
　　隨著新中國昂首邁入21世紀(jì)，海峽兩岸關(guān)系健康發(fā)展和“海西”戰(zhàn)略的實(shí)施，廈門經(jīng)濟(jì)特區(qū)和廈門海關(guān)也進(jìn)入了新的發(fā)展階段。
　　保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅物流園區(qū)、保稅物流中心、保稅港區(qū)……處于對(duì)外開放前沿的廈門特區(qū)貿(mào)易方式日益豐富，擁有了一應(yīng)俱全的海關(guān)特殊監(jiān)管區(qū)域�！皡^(qū)港聯(lián)動(dòng)”、“空運(yùn)聯(lián)程轉(zhuǎn)關(guān)”、“分批入?yún)^(qū)、集中申報(bào)”，廈門海關(guān)不斷改革監(jiān)管模式，使這些特殊監(jiān)管區(qū)域迸發(fā)出巨大的活力，保稅物流成為廈門特區(qū)經(jīng)濟(jì)又一增長點(diǎn)。
　　站在廈門高點(diǎn)朝港口放眼望去，堆積如山的集裝箱、熙來攘往的運(yùn)輸車輛、絡(luò)繹不絕的國際航線船舶，一個(gè)國際樞紐港已呼之欲出。廈門海關(guān)適時(shí)通過推廣“屬地申報(bào)、口岸驗(yàn)放”、“海鐵聯(lián)運(yùn)”、“陸空聯(lián)運(yùn)”等一系列通關(guān)新模式，逐步將港口腹地向內(nèi)陸輻射，構(gòu)建起“海西”對(duì)外開放“大通道”。
　　2009年，廈門海關(guān)監(jiān)管的貨運(yùn)量已達(dá)到5606.64萬噸，稅收攀升至189.92億元；在廈門關(guān)區(qū)登記注冊的外貿(mào)企業(yè)近2萬家。為滿足快速增長的外貿(mào)發(fā)展需求，廈門海關(guān)實(shí)施了“5+2”工作制，充實(shí)技術(shù)查驗(yàn)設(shè)備，實(shí)施分類通關(guān)改革，不斷提高通關(guān)效率。
　　與此同時(shí)，在海關(guān)的推動(dòng)下，擁有區(qū)位優(yōu)勢的廈門特區(qū)也在兩岸經(jīng)貿(mào)交流中發(fā)揮了積極的作用。曾經(jīng)是兩岸炮戰(zhàn)前沿的廈門大嶝島建起了全國唯一的對(duì)臺(tái)小額商品交易市場；通關(guān)的便利使金廈海上客運(yùn)直航成為兩岸人員往來的“黃金通道”；廈門已成為大陸最大的臺(tái)灣“零關(guān)稅”水果和水產(chǎn)品的進(jìn)口集散地。如今，兩岸間“大三通”的持續(xù)推進(jìn)又給廈門海關(guān)工作提出了更高的要求。
　　30年來，廈門海關(guān)見證并參與了廈門經(jīng)濟(jì)特區(qū)的建設(shè)、發(fā)展和騰飛，而今，廈門經(jīng)濟(jì)特區(qū)已從廈門島擴(kuò)大到廈門所有行政區(qū)域，國務(wù)院《關(guān)于支持福建省加快海峽西岸經(jīng)濟(jì)區(qū)的若干意見》實(shí)施已屆兩周年，兩岸經(jīng)濟(jì)合作框架協(xié)議也已正式簽署，廈門海關(guān)和廈門經(jīng)濟(jì)特區(qū)一道，迎來了新的發(fā)展機(jī)遇。站在新的歷史起點(diǎn)，廈門海關(guān)將以更加飽滿的熱情、更加旺盛的斗志，投入到廈門經(jīng)濟(jì)特區(qū)、海峽西岸經(jīng)濟(jì)區(qū)新一輪跨越發(fā)展的熱潮之中。