廣西北部灣經濟區保稅物流體系是中國南部沿海唯一的保稅物流體系，是聯系中國西南地區和東南亞國家的核心樞紐以及連接海港、空港和邊境口岸的大型物流商貿基地。其運作模式是以北海出口加工區、欽州保稅港區、憑祥綜合保稅區等為沿海沿邊節點，通過南寧保稅物流中心這一核心樞紐直接為西南地區乃至東盟國家的企業提供保稅物流服務。目前，北部灣保稅物流體系具備了碼頭作業、保稅物流、出口加工等目前對外開放區域中的所有功能，將形成企業國際業務、系列優惠政策、生產要素等多方面的“集聚效應”。欽州保稅港區首批5個入區項目的開工，標志著中國距東盟最近的保稅港區進入全面開港運營階段。