1.儲存方面的問題: 冷鏈物流業的發展仍處于無序狀態 。 目前全國冷庫的實際利用率尚不足40%。在冷庫建設中還存在一些誤區, 重視肉類低溫凍結冷庫的建設, 忽視果蔬高溫保鮮冷庫建設; 重視城市經營性冷庫建設, 忽視產地加工生產性冷庫建設; 重視大中型冷庫發展及管理,忽視批發銷售小冷庫的發展及管理。

　　2.流通加工方面的問題 。農產品冷加工良莠不齊。據估計單單食品加工方面,目前全國每年生鮮食品冷加工(慢凍、速凍、冷藏和冷保鮮) 量就達到800—1100萬噸, 占生鮮食品總產量的2% 左右。其中冷凍、冷藏食品年生產量約350萬噸, 年增長率達25%。但在冷加工品種、數量、質量、包裝及管理等方面尚存在一些隱患。主要表現一下幾個方面：

　　其一, 宏觀管理失控致使行業管理混亂, 產品質量低下, 相關生產、運輸、銷售等的標準和法規的制定相對滯后。

　　其二, 產品質量無章可循, 品種單調, 重復現象嚴重。

　　其三, 銷售條件欠缺。

　　3.運輸方面的問題：冷藏運輸工具相對落后， 主要表現在冷藏運輸工具比較單一且發展不平衡, 冷藏運輸能力明顯不足。在各種運輸方式上, 冷藏運輸能力也很不協調, 各種冷藏運輸工具的發展方向、重點以及步驟等缺乏統籌規劃, 宏觀指導和微觀支持的機制沒有建立。冷藏農產品運輸過程中浪費嚴重,物流成本占農產品成本比重過大。

　　4.銷售存在的問題：我國冷藏農產品的銷售過于集中在超市和大賣場,生產廠商把許多的精力和資源投入到了超市和賣場里,導致冷藏農產品在這些超市和賣場里出現了供大于求,流通費用不斷增加的局面。但小城鎮和 農村 市場的冷藏設備配置發展較緩慢。且國產冷柜質量參差不齊, 性能不穩定, 造成冷鏈中斷。而進口冷柜價格又昂貴, 令商家卻步。 我國目前能耗少的冷柜產品也僅達歐盟的B、C級能耗水平。農產品冷藏柜設施運行服務隊伍尚未走向專業代, 獨立化。

　　5.農產品冷鏈中的信息化程度較低：目前,我國農產品冷藏運輸中的信息化建設比較落后,信息設備的配備不夠齊全,沒有形成健全的信息 網絡 ,由于缺乏準確的信息,往往造成冷鏈農產品流通的盲目性。國內農產品市場上幾乎沒有一個經過統一規劃設計的信息系統,只有提供少部分功能的類似于財務管理軟件或者庫存管理的軟件;在 企業 內部各企業之間信息化程度差距較大。只很多企業還沒有意識到信息化對于自身 發展 的重要影響,更不用說利用先進的信息技術為自己服務。有個別企業擁有自己的生產系統或信息發布網站缺乏信息平臺,供應鏈上企業之間缺乏統一的信息平臺以供各企業進行信息交流,造成本應多邊共贏的物流企業相互之間缺乏必要的了解,阻礙了農產品物流的發展。