我國水產品冷鏈構建屬于初步性、片段性、分散性，水產品冷鏈更多的是集團性或者企業獨自性的配置，離區域性、全國性的冷鏈網絡還有比較大的差距。隨著我國政府對食品安全的高度重視，水產品品種和產量的擴大，市場對水產品冷鏈物流的需求日益提高，冷鏈物流企業迎來了極好的發展機遇期。但是，我國水產品冷鏈物流發展壯大還存在著四個方面的問題。
　　冷鏈網絡建設有差距

　　片段分散方式的冷鏈系統，往往使得冷鏈標準無法連貫的執行，全過程冷鏈溫度的記錄無法發揮作用，冷鏈的交接過程比較復雜。應該向美國冷鏈協會那樣，提倡并著手建設全美國的冷鏈中心樞紐。

　　冷鏈標準建設不及時

　　水產品冷鏈物流在管理上缺乏統一的作業標準，如：裝卸速度、作業流程、檢驗驗貨制度以及運輸、倉儲、配送、銷售各環節低溫對接要求等作業方面缺乏標準，使得中國大部分水產品銷售環境不能控制在冷鏈溫度之下。對各大類水產品的產品溫度、濕度指標及儲存期限，冷鏈標準建設不及時，不能具體提供一個科學統一的推薦范圍。

　　冷鏈配置建設不完整

　　在一般的菜市場上冷鏈配置建設不完整，水產品物流設備比較落后，冷凍水產品運輸方式采用人力黃魚車還相當普遍，因此，水產品的品質損失比較大。冷鏈體系配置只能依賴于城市化的提高，農村是很難做到的。在運輸過程中還缺乏統一化的包裝配置和物流形態，例如裝有活魚類的運輸桶內3/4裝水，只有1/4才是活魚產品，無疑提高了水產品物流成本。
冷鏈增值效應不明顯

　　冷鏈物流要實施全程溫度控制管理，必須依靠先進的信息技術作為支撐。還要加強水產品保鮮庫、冷藏庫的建設，增加溫控設備。冷鏈物流投入比較大，而水產品屬于低價產品，通過冷鏈物流服務過程的增值效應不明顯，經營水產品冷鏈物流風險較大。