李克強會上表示：“山東濟南非法經營疫苗系列案件性質惡劣，教訓極其深刻。人民群眾的生命健康重于泰山，必須本著對人民、對國家高度負責的態度，嚴肅徹查處理，絕不姑息！疫苗質量安全事關人民群眾尤其是少年兒童生命健康，是不可觸碰的‘紅線’。”
會議決定，先行對一批責任人實施問責；通過《國務院關于修改〈疫苗流通和預防接種管理條例〉的決定》，強化制度監管。
本次會上李克強從四個方面嚴厲強調，要在依法嚴厲打擊違法犯罪行為，對相關失職瀆職行為嚴肅問責的同時，進一步完善藥品監管體制和疫苗管理長效機制，切實保障人民群眾生命健康。
總理說：依法 “鐵腕”打擊犯罪行為，對相關失職瀆職行為嚴肅問責、絕不姑息！
李克強明確要求，要繼續徹查案情，對每條線索都要建立臺賬一查到底，對重點案件掛牌督辦，注意查清涉案人員、犯罪事實和疫苗流向。“世界衛生組織經過科學論證認為，不正確儲存或過期的疫苗幾乎不會引起毒性反應，因此本事件的疫苗安全風險非常低。但相關部門必須要確立這樣一種意識：‘風險低’不等于‘完全沒有風險’。”總理說，“必須依法‘鐵腕’打擊犯罪行為，對相關失職瀆職行為嚴肅問責、絕不姑息！”
總理說：關鍵要完善事中事后監管，建立疫苗管理的長效機制！
李克強表示，疫苗系列案件是嚴重的違法犯罪行為，同時也暴露出監管方面存在的諸多制度漏洞。
“不符合運輸規范的疫苗，怎么能流向這么多地方，而且持續了這么長時間？”總理語氣嚴厲地說，“這里面有違法犯罪行為，需要嚴肅處理；同時也反映出一些干部責任心缺失、‘不作為’等問題。”“要依法嚴肅問責在疫苗生產，特別是流通、接種等環節監管不力的職能部門責任人員，以及違法經營疫苗問題突出的地方政府領導。”總理說，“疫苗系列案件再次證明，光靠‘審批’是管不住的，關鍵要完善事中事后監管，建立疫苗管理的長效機制。”
總理說：老百姓會用腳投票，去購買自己信得過的產品！
李克強強調，疫苗案不僅關系到人民健康，也事關政府公信力和國人對“中國制造”的信心。
“前些年‘三聚氰胺’事件對整個奶粉行業造成的沖擊至今仍有影響。我們決不能讓類似事件再次發生。”總理說。
李克強語重心長告誡與會者：“如果我們遲遲不能把‘中國制造’打造成金字招牌，老百姓就會用腳投票，去購買自己信得過的產品！”
他要求有關部門要盡快拿出提升消費品質量的對策方案，讓“中國制造”升級為“中國質造”，提振消費者信心。
總理說：轉變思路，及時主動回應社會關切！
一位部門負責人發言中稱，目前調查工作仍在進行當中，向公眾做出完整回應還比較困難。李克強當即表示，要轉變思路，及時主動回應社會關切。“如果是謠言，那就要馬上調查、及時澄清；如果問題比較復雜，一時無法做出結論，那也要向公眾表明，政府已經發現問題，正在迅速處理，并將盡早公布調查結果。”總理說。
最后，李克強再次強調，現代政府一個很重要的特征，就是要及時回應社會關切。
國務院本次常務會議就如何完善制度監管方面決定：
要立足標本兼治、強化制度監管，會議通過了《國務院關于修改〈疫苗流通和預防接種管理條例〉的決定》。
一、嚴格疫苗流通管理，將自愿接種的第二類疫苗比照國家免疫規劃用的第一類疫苗，全部納入省級公共資源交易平臺集中采購，不再允許藥品批發企業經營疫苗，堅決制止通過借用資質和票據進行非法經營的“掛靠走票”等行為。
二、建立疫苗從生產到使用的全程追溯制度，強化儲存、運輸冷鏈要求，增設疾控機構、接種單位在接收環節索要溫度監測記錄的義務。
三、加大處罰及問責力度，對非法購銷、未按規定儲運疫苗等違法行為提高罰款金額，增設對責任人員的禁業處罰，并嚴格屬地監管職責，增加地方政府及監管部門主要負責人引咎辭職的規定。《決定》還完善了預防接種異常反應補償制度等內容。
對此，國家衛生計生委、食品藥品監管總局兩部門緊急號召國務院規定，按照國務院關于修訂《疫苗流通和預防接種管理條例》的決定，研究建立進一步加強疫苗流通和預防接種管理的長效機制，第二類疫苗由省級疾控機構集中采購建立國家免疫規劃疫苗動態調整機制。
一是改革完善第二類疫苗集中采購機制。第二類疫苗由省級疾病預防控制機構組織集中采購，由縣級疾控機構向疫苗生產企業采購后供應給轄區內接種單位。
接種單位不得直接向疫苗生產企業購買第二類疫苗。疫苗生產企業直接向縣級疾控機構配送第二類疫苗，或者委托具備冷鏈儲存、運輸條件的企業配送，這將大大減少中間環節，有效解決第二類疫苗流通混亂的問題。
二是加強疫苗冷鏈管理。疫苗儲存、運輸的全過程不得脫離冷鏈，并定時監測、記錄溫度。食品藥品監管部門將組織制定疫苗生產、儲存、運輸的操作規范，加強冷鏈運輸過程的規范化管理。
三是推進疫苗全程追溯體系建設。加快建立全國預防接種信息管理系統。疫苗生產企業、疫苗進口單位、配送企業、縣級疾控機構和接種單位要依法建立真實完整的銷售、購進、儲存、分發、供應記錄，并做到票證一致、票貨一致、票款一致。
四是嚴格禁止非法疫苗銷售行為。未取得資質的任何企業和個人不得從事疫苗買賣、儲存、運輸等活動。任何單位和個人不得采用郵售、互聯網交易等方式銷售疫苗，也不得以任何方式贈送疫苗。藥品經營企業不得銷售疫苗。
五是加強接種單位規范化建設。規范接種單位設置和人員資質，在農村地區實行以鄉鎮為單位的集中接種模式，村醫不得開展第二類疫苗接種業務。
同時，規范預防接種設施條件、疫苗和冷鏈管理、監測和不良反應處理、預防接種告知和宣傳行為、以及預防接種記錄和報告。
六是完善并落實政策保障機制。根據《中央編辦、財政部、衛生計生委關于疾病預防控制中心機構編制標準的指導意見》的規定，確保落實各級疾控機構人員編制。疾控機構的人員經費、公用經費和業務經費要全額列入預算，對于財政投入不足的部分要進行認真核實，由同級財政予以保障。
科學核定疾控機構績效工資總量，并實行動態調整。建立科學合理的績效考核和績效工資分配制度。科學核定縣級疾控機構第二類疫苗儲存運輸費和接種單位接種服務費標準。
七是建立國家免疫規劃疫苗動態調整機制。根據傳染病防控需要和國家經濟發展水平，結合專家科學論證意見，逐步將安全有效、財政可負擔的第二類疫苗納入國家免疫規劃。
八是建立完善預防接種異常反應補償保險機制。鼓勵建立通過商業保險等形式對預防接種異常反應受種者予以補償的機制，提高預防接種異常反應的補償公平性和補償效率。在未建立預防接種異常反應保險機制之前，各地應仍按現行規定開展補償工作。
