東北鐵路運輸瓶頸及運力緊張一直是國內糧食市場面臨的一大難題。隨著東北糧食主產區秋糧收購的全面展開，以及元旦、春節兩大節日的到來，有關地區的糧食運輸將再度陷入緊張局面，鐵路運力緊張將再度成為影響南方糧食到貨量的重要限制因素，而煤電等能源運輸的優先安排勢必使緊張的糧食運輸雪上加霜。同時，東北地區外運困難將引發車船費用增加。 據業內人士介紹，近期國內船運費再度上揚，大連至蛇口的大船運費已達80元/噸。

    不重視航道疏浚、不重視糧食水運、不重視鐵路與水路運輸價格的協調以及不重視相關體制改革等無疑是造成這種情況的基本原因。市場對水路運輸要求的不斷增強與“巨無霸”船舶的不斷涌現，使得原本就很脆弱的水運航道與港口碼頭帶來了“不能承受之重”。但國家與地區對有關水道與港口的疏浚卻遲遲得不到落實。以京杭運河徐州段為例，自1985年大疏浚以來就沒有經過大規模建設，二十年以來航道等級和承載能力沒有改變。為此，江蘇與浙江等地水路運輸的黃金水道——京杭大運河不時會出現“被堵的船只已達上萬只，綿延已達5-6公里”的情況也不為怪了。

    這些年，我國眾多港口都保持了較高的生產增長率，與糧食并列為世界三大物資的石油、礦石都有較大幅度的增長。期間跨省間的糧食水路運輸比重處在27%左右，而同期的糧食鐵路運輸卻在61%左右居高不下。2005年2月份，天津、青島兩港由于后方疏運跟不上，港口糧食倉庫荷滿，造成進口小麥壓船、壓港。為此，如何從戰略上扶持糧食水運的有效開展，如何卓有成效地進行水道、港口疏浚……，就成了有效編制十一五糧食物流專項規劃乃至構建和諧社會的重要而迫切內容。