與普通班輪一樣，國際集裝箱海運運費除計收基本運費外，也要加收各種附加費。附加費的標準與項目，根據航線和貨種的不同而有不同的規定。集裝箱海運附加費通常包括以下幾種形式：港口擁擠附加費、變更卸貨港附加費、選擇卸貨港附加費、燃油附加費、貨幣貶值附加費等。本文就各船公司通常主要用到的三種附加費作一系統地講述。
１． 港口擁擠附加費（THC）。
港口擁擠附加費也稱船舶擁擠附加費（THC），是對運往卸貨港的貨物因船舶擁擠致使停泊時間延長而臨時征收的附加費。這種附加費中有按一定數額計收的和按運費的一定百分比來計收的兩種。船舶擁擠大多發生在發展中國家的港口，主要是由于港口設備差，進口計劃性不強，政情不穩，罷工，怠工，勞動熱情低等原因。就運費的提高而言，一般都由各航運公會公布一個一定的實施預告期，但如果船舶擁擠是偶然引起的，也可根據公會應急條款（CONTINGENCｙ CLAUSE）的規定，在沒有預告的情況下進行征收。但是在美國航運界，聯邦海事局（FEDERAL MARITIME COMMISSION）規定，即使在這種情況下，也需要至少有一個月的預告期。
２． 燃油附加費（BAF）。
一般是指在不得不比一般水平的價格高或比普通使用的燃油價格更高的價格來補給燃油時（例如因進入戰時體制供油地的油價高漲，或因象上次石油沖擊那樣的不測事態而漲價等），通常油價及其差額要轉嫁到每一噸貨物或分攤到基本費率上去。
這一附加費的計算方法是，先按平常價格營運時一個航次的總燃料費與按漲價后的總燃油費求出差額，除以船舶裝載能力，計算出每一載重噸應負擔的差額。或者，算出上漲價格比平常價格上升的比例，并以基本費率來除它，就可求出基本費率應加的百分數了。
３． 貨幣貶值附加費（CAF）。
因為定期航線通常要涉及到使用兩種以上不同貨幣的國家，所以其運費率須以較穩定的貨幣計價，在多數情況下是以美元為基礎。雖然各國以一定的匯率與美元等主要貨幣結算不會有什么問題，但是如果在主要貨幣的穩定性比較差的情況下，公會所管轄的兩國以上貨幣的交換就會產生變化。
例如與１美元＝360日元的時代相比，當美元事實上已貶值到1美元＝308日元或1美元＝276日元時，船公司從貨主處收取的美元換算成日元以后，在運費額中每美元分別遭到52日元或84日元的匯兌差額損失。為彌補這種差額損失而征收的費用，即所謂貨幣貶值附加費。實際上在貨幣的變動幅度不大或會員船公司并沒有把這種貨幣換成其他貨幣（這時并沒有發生差額損失）時，也有照樣考慮在基本費率上增收一定百分數來征收這種附加費的。
另外，現在以日本為中心的許多公會，貨幣貶值附加費基于貨主的同意，已有了一定的公式，根據這一公式可以自動地計算出附加費率。另外，相對于主要國家貨幣的其他貨幣，在其匯率大幅度貶值的情況下，也會產生負值的貨幣貶值附加費。
除上述各項附加費外，其他有關的附加費計收規定與普通班輪的附加費計收規定相同。這些附加費包括：因港口情況復雜或出現特殊情況所產生的港口附加費PORT ADDITIONAL；因戰爭、運河關閉等原因迫使船舶繞道航行而增收繞航附加費DEVIATION SURCHARGE等。此外，對于貴重貨物，如果托運人要求船方承擔超過提單上規定的責任限額時，船方要增收超額責任附加費ADDITIONAL FOR EXCESS OF LIABILITｙ。
需指出的是，隨著世界集裝箱船隊運力供給大于運量需求的矛盾越來越突出，集裝箱航運市場上銷價競爭的趨勢日益蔓延，因此，目前各船公司大多減少了附加費的征收種類，將許多附加費并入運價當中，給貨主提供一個較低的包干運價。這一方面起到了吸引貨源的目的，同時也簡化了運費結算手續。
