盡管國家稅務總局先后發布了《關于試點物流企業有關稅收政策問題的通知》和《關于物流企業繳納企業所得稅問題的通知》，在國家政策層面基本上解決了物流企業在稅收方面遇到的突出問題，但是，作為一個新興的產業，物流業涉及面非常廣，再加上各地情況千差萬別，目前不少物流企業在稅收方面仍然面臨著不少問題。

　　一是關于物流企業的認定問題。這是地方稅務部門執行物流企業稅收政策首先遇到的問題。雖然，目前已經有了《物流企業分類與評估指標》國家標準，但這個標準的認定和執行還需要時間。就目前情況看，筆者認為應該以國家發改委和交通部等九部委的文件為依據，即物流企業是指具備或租用必要的運輸工具和倉儲設施，至少具有從事運輸(或運輸代理)和倉儲兩種以上經營范圍，能夠提供運輸、代理、倉儲、裝卸、加工、整理、配送等一體化服務，并具有與自身業務相適應的信息管理系統，經工商行政管理部門登記注冊，實行獨立核算、自負盈虧、獨立承擔民事責任的經濟組織。符合上述條件的，各級稅務部門就應該認定為物流企業。

　　二是關于試點企業所屬企業的問題。在各地有一些試點企業的所屬企業不能夠享受試點政策。這就需要明確什么是所屬企業，是全資子公司，還是絕對控股或相對控股的企業？如何取得所屬企業的相關證明，需要明確。

　　三是關于自開票納稅人資格認定的問題。自開票納稅人有自有車輛數量的規定，這樣不利于整合社會資源。特別是一些集團型物流企業，就集團本身來講有足夠的車輛，但具體到某一家下屬公司，因為沒有運輸車輛而不能取得自開票納稅人資格，也就享受不到營業稅差額納稅的政策。

　　四是關于非試點物流企業的問題。國稅發文后，個別地方作了片面理解，指出“凡不屬于國稅發〔2005〕208號文件規定的試點物流企業名單范圍內的物流企業開具的貨物運輸發票，一律不予計算抵扣進項稅額。”其實，早在208號文出臺前，國家稅務總局國稅發[2004]88號《關于貨物運輸業若干稅收問題的通知 》就允許，不論物流企業還是運輸企業，開具的貨物運輸發票，都可以計算抵扣進項稅額。208號文是88號文的延伸，并沒有否定88號文，因此非試點物流企業還應該執行88號文的規定。

　　五是關于第二批試點企業的申報問題。第一批試點企業開始試點后，許多物流企業紛紛要求納入第二批試點。于今年5月召開的全國現代物流工作部際聯席會議第二次會議，在《紀要》的附件中提出，國家稅務總局牽頭會同國家發改委、財政部繼續落實《關于試點物流企業有關稅收政策問題的通知》，在總結前期物流企業試點基礎上，積極穩妥地推進現代物流企業試點工作。

　　六是關于整合個體戶車輛的發票抵扣問題。有試點企業反映，他們在實際操作中由于整合利用了個體戶的車輛，沒有原始發票可以抵扣，還是不能享受試點政策。類似這樣的問題，應該尋求一個解決的辦法。

　　七是關于倉儲業發票稅率偏高和不能抵扣增值稅的問題。倉儲及其他物流服務業不僅稅率高于運輸業，而且還不能抵扣進項稅額，這樣不利于一體化物流業務的開展，也給管理上帶來了一定的困難。

　　八是關于倉庫租金能否抵扣的問題。國稅208號文有這樣的規定：“試點企業將承攬的倉儲業務分給其他單位并由其統一收取價款的，應該以企業取得的全部收入減去付給其他倉儲合作方的倉儲費后的余額為營業額計算征收營業稅。”有試點企業提出，他們取得的倉儲業務收入約60%要支付倉庫的租金，而這一塊希望納入抵扣范圍。

　　九是關于所得稅屬地繳納的問題。雖然國稅函[2006]270號文中已經說明，符合條件的物流企業可以統一繳納所得稅，但由于體制的限制，許多企業還不能夠享受這項政策。有的企業甚至每開一個分支機構，當地都會要求重新登記注冊，把稅務關系留在當地，這樣很不利于網絡型物流企業的發展。

　　十是關于減輕稅負和涵養稅源的關系。由于各地情況不同，物流企業實際稅負有比較大的差異。我們不僅要關注名義稅率，更要努力做到物流企業的實際稅負大體平衡。從總體上來看，解決物流企業重復納稅的問題，減輕物流企業的稅務負擔，不僅有利于物流企業的發展，有利于社會資源的整合，也有利于從整體上擴大稅基，涵養稅源。