如今，物流產業正在迅速發展。物流產業是一個跨行業、跨部門的綜合新興產業，物流業主要包括交通運輸業、倉儲業、郵政業以及批發零售中包裝、流通加工、配送等。本文就物流業中涉及的主要營業稅政策歸納分析如下。 
一、物流業涉及的營業稅稅目稅率 
（一）交通運輸業，稅率3%。征收范圍包括：陸路運輸、水路運輸、航空運輸、管道運輸、裝卸搬運。凡與運營業務有關的各項勞務活動。均屬本稅目的征稅范圍。 
（二）郵電通信業，稅率3%。本稅目的征收范圍包括：郵政、電信。單位和個人從事快遞業務按“郵電通信業”稅目征收營業稅。 
（三）服務業，稅率5%。本稅目的征收范圍包括：代理業、旅店業、飲食業、旅游業、倉儲業、租賃業、廣告業、其他服務業。
（四）轉讓無形資產，稅率5%。本稅目的征收范圍包括：轉讓土地使用權、轉讓商標權、轉讓專利權、轉讓非專利技術、轉讓著作權、轉讓商譽。 
（五）銷售不動產，稅率5%。本稅目的征收范圍包括：銷售建筑物或構筑物、銷售其他土地附著物。
二、從事聯運業務、代理業務和倉儲業務按差額納稅 
《國家稅務總局關于新版公路、內河貨物運輸業統一發票有關使用問題的通知》（國稅發〔2007〕101號）規定，公路、內河聯合貨物運輸業務，是指其一項貨物運輸業務由兩個或兩個以上的運輸單位（或個人）共同完成的貨物運輸業務。運輸單位（或個人）應以收取的全部價款向付款人開具貨運發票，合作運輸單位（或個人）以向運輸單位（或個人）收取的全部價款向該運輸單位（或個人）開具貨運發票，運輸單位（或個人）應以合作運輸單位（或個人）向其開具的貨運發票作為差額繳納營業稅的扣除憑證。 
物流行業的代理業，主要有航空包機業務、無船承運業務和報關代理以及其他代理。國稅發〔2000〕139號規定，對航空運輸企業從事包機業務向包機公司收取的包機費，按“交通運輸業”稅目征收營業稅；對包機公司向旅客或貨主收取的運營收入，應按“服務業———代理業”項目征收營業稅，其營業額為向旅客或貨主收取的全部價款和價外費用減除支付給航空運輸企業的包機費后的余額。 
國稅函〔2006〕1312號規定，無船承運業務應按照“服務業——代理業”稅目征收營業稅。納稅人從事無船承運業務，以其向委托人收取的全部價款和價外費用扣除其支付的海運費以及報關、港雜、裝卸費用后的余額為計稅營業額申報繳納營業稅。納稅人從事無船承運業務，應按照其從事無船承運業務取得的全部價款和價外費用向委托人開具發票，同時應憑其取得的開具給本納稅人的發票或其他合法有效憑證作為差額繳納營業稅的扣除憑證。 
對試點物流企業開展物流業務營業稅征稅問題，國稅發〔2005〕208號規定，試點企業將承攬的運輸業務分給其他單位并由其統一收取價款的，應以該企業取得的全部收入減去付給其他運輸企業的運費后的余額為營業額計算征收營業稅。試點企業將承攬的倉儲業務分給其他單位并由其統一收取價款的，應以該企業取得的全部收入減去付給其他倉儲合作方的倉儲費后的余額為營業額計算征收營業稅。文件對營業額減除項目憑證管理問題提出了要求：營業額減除項目支付款項發生在境內的，該減除項目支付款項憑證必須是發票或經稅務機關認可的合法有效憑證；支付給境外的，該減除項目支付款項憑證必須是外匯付匯憑證，或外方公司的簽收單據、出具的公證證明。 
《國家稅務總局關于加強代理報關業務營業稅征收管理有關問題的通知》（國稅函〔2006〕1310號）規定，納稅人從事代理報關業務，以其向委托人收取的全部價款和價外費用扣除以下項目金額后的余額為計稅營業額申報繳納營業稅：1.支付給海關的稅金、簽證費、滯報費、滯納金、查驗費、打單費、電子報關平臺費、倉儲費；2.支付給檢驗檢疫單位的三檢費、熏蒸費、消毒費、電子保險平臺費；3.支付給預錄入單位的預錄費；4.國家稅務總局規定的其他費用。 
對于從事其他物流代理業務的，可以按照《國家稅務總局關于營業稅若干問題的通知》（國稅發〔1995〕076號）執行，該文規定“代理業的營業額為納稅人從事代理業務向委托方實際收取的報酬”。 
三、遠洋運輸企業業務不同適用不同稅率 
針對遠洋運輸企業不同的業務，營業稅政策規定了不同的適用稅率。國稅發〔2002〕25號規定，對遠洋運輸企業從事程租、期租業務和航空運輸企業從事濕租業務取得的收入，按“交通運輸業”稅目征收營業稅。 
文件規定，對遠洋運輸企業從事光租業務和航空運輸企業從事干租業務取得的收入，按“服務業———租賃業”項目征收營業稅。
四、自開票納稅人與代開票納稅人征稅不同 
對從事貨物運輸業務的單位和個人，根據開具貨物運輸業發票的不同分為自開票納稅人和代開票納稅人。自開票納稅人除了可以自己領購發票并自行按照規定開具發票外，自開票納稅人的聯運業務，以其向貨主收取的運費及其他價外收費減去付給其他聯運合作方運費后的余額為營業額計算征收營業稅。除自開票納稅人外，其他的為代開票納稅人，其從事貨物運輸業務需要開具發票的，必須由稅務機關或經稅務機關批準的機構代開，同時代征稅款。代開票納稅人從事聯運業務取得的收入，應就全部收入納稅，不得減除分出合作方運費計稅。
五、物流單位收取的承包費需要納稅 
目前，不少小單位和個人掛靠在一些規模較大的物流單位從事經營活動，或者承租承包物流單位的運輸工具或其他資產從事物流業務活動，物流單位在加強管理的同時需要收取部分管理費用。對管理費用征收營業稅問題，財稅〔2003〕16號作了明確規定：雙方簽訂承包、租賃合同（協議，下同），將企業或企業部分資產出包、租賃，出包、出租者向承包、承租方收取的承包費、租賃費（承租費，下同）按“服務業”稅目征收營業稅。出包方收取的承包費凡同時符合以下三個條件的，屬于企業內部分配行為不征收營業稅：1.承包方以出包方名義對外經營，由出包方承擔相關的法律責任；2.承包方的經營收支全部納入出包方的財務會計核算；3.以出包方的利潤為基礎。