我們看到，在倉儲環節同樣存在著重復計稅的情況。多繳納的稅額要么擠壓了物流企業的利潤，要么引發連鎖反應最終推高了物價。專家告訴我們記者，出現這樣的結果是因為我國到現在為止還沒有對物流行業做出一個精準的定位，物流業稅種繁多而且混亂，重復計稅的現象比比皆是，這樣的局面讓物流業的聯合運輸不堪重負。 
　　廣州番禺貨運碼頭，宏峰物流公司的總經理張晶林和船務總監黃毫生在監管從廣州運往�？诘囊慌�貨。這是一批近千噸的鋼材(4850,61.00,1.27%)。雖然他們以1萬九千元的價格拿下了這個單子，但在轉包給碼頭的過程中，實際毛利潤只剩下216元，其中需要繳納的稅額是1345元，其中包含重復納稅657.35元。重復納稅額是利潤的3.04倍。
　　廣州宏峰物流有限公司 總經理 張晶林說：“客戶其中在碼頭有一筆裝卸費用，本身這筆裝修費用碼頭已經是交了稅。”
　　這筆重復征稅是怎樣產生的呢？財務經理劉錦東給我們拿出了這單貨的整套票據。從廣州到�？诘恼�體運費是19902元，交稅是688.34元。貨物到達碼頭，物流公司就只能履行監管義務，把涉及碼頭搬運的項目外包給碼頭，但碼頭是獨立法人，所有在碼頭產生的搬運費用不能抵扣，還得再繳一次裝卸稅。
　　廣州宏峰物流有限公司 財務總監 劉錦東說：“分包出去，就是18998.2元，碼頭分包出去的費用我們取得對方的發票，這個肯定對方已經交稅了，這是已含稅費了，這里面所包含的稅費就是657.35元�！�
　　貨物到達碼頭，物流公司就只能履行監管義務，把涉及碼頭搬運的項目外包給碼頭，但碼頭是獨立法人，所有在碼頭產生的搬運費用不能抵扣，還得再繳一次裝卸稅。
　　廣州宏峰物流有限公司 船務總監 黃毫生說：“碼頭裝卸費這個費用是我們無法抵扣的，就變成我開票給客戶結算的時候，我這部分拿回的成本抵不了稅，等于是碼頭這個裝卸稅已經交過了，(我們)還要再交一次。”
　　總包物流企業按19902的結算價交了688.34元的稅，分包碼頭按18998.2的承包價又交了657.35元的稅，雙方加起來等于是按38900元交了稅，多繳納的657,34元屬于重復繳稅。廣州宏峰物流有限公司 財務總監 劉錦東分析，重復計稅，加重了企業的運輸成本，自然會轉移到商品價格上去。而物流公司完成者單業務，的毛利潤只有216元，已算微利。
　　廣州宏峰物流有限公司 財務總監 劉錦東說：“我們通過詳細的算賬，碼頭的裝卸環節我們所實現的差價收入，鋼材19902.85元這個差價收入，扣掉我們分包出去的裝卸成本，這個差價就是904.65元，還要扣掉這個環節的稅費688.34元，所以說扣掉以后，這個環節所創造的毛利實際上就是216.31元，所以毛利還不包括人工費，我們還派車子這些費用�！�
　　總經理張晶林告訴記者水運碼頭的業務量占了公司的一半左右，這種重復納稅每天幾乎都在發生，公司每年重復納稅的額度最少有幾十萬 。有的業務，如果客戶給的價格過低，他們就只能忍痛割愛。
　　桂壽平，中國物流學會常務理事，在他的研究中發現，水路與陸路，公路與鐵路的聯運業務，已經成了重復納稅的重災區。
　　中國物流學會常務理事華南理工大學經濟與貿易學院副院長桂壽平說：“這個問題作為我們這個物流稅收來講，是一個稅制的研究課題，這個方面應該是把各個地區的各個部門，稅務部門應該協調在一起，分段納稅，一票，然后每個環節納多少稅要切割開來，這樣使各個地區都能得到自己的稅收，對企業來說也規避了這種重復納稅�！�
　　桂壽平解釋說，目前網絡化經營、一體化運作是物流企業的基本運行模式，物流企業一般都是依靠加盟或者成立子公司來擴大網絡以吸引更多客戶，此外還會跟其他公司通過轉包、聯運、掛靠等多種方式合作，通過整合各種物流資源來降低運營成本。但是按照現行納稅政策，每轉包一次，就要開一次票、納一次稅。專業分工越細，交易次數越多，重復納稅額度就越大。
　　中國物流學會常務理事
　　華南理工大學經濟與貿易學院副院長 桂壽平
　　從多式聯運這個概念是非常好的，但是因為稅收是劃地為牢的，因為各地的稅收是管自己的，分灶吃飯，所以我們國家稅制的一個實際問題，目前很難打破這個禁閉。
　　市場經濟崇尚精細分工，每一個工種猶如一個個龐大機器上的齒輪，咬合緊密才能維持一個高效運轉的循環體系。但是我們非常遺憾地看到，由于重復計稅這種合法不合理的情況存在，分工越細，繳納的稅款越多，這樣就導致利潤越低。許多企業寧愿選擇分工少、效率低的方式來運營，僅僅是為了少繳稅，保住利潤。這樣的市場規則，最終會讓整個物流行業的效率變得越來越慢。