深圳港在最新的中國港口綜合競爭力指數排行榜上，被譽為“最具效益競爭力的港口”。與此同時，深圳市交通局物流處官員透露，目前，仍有四大因素制約著深圳保稅物流的發展。 
　　物流處處長高旭敏表示，四大原因制約著深圳保稅區物流發展，包括現行海關監管采取分批報關的模式，影響了區內物流業的運作效率。保稅貨物“二次轉關”問題，現行的監管系統中，經保稅區轉關的有關貨物的電子信息，轉運地海關接收不到，造成無法辦理轉關手續。在采購樣品進出保稅區的監管上，現行海關對樣品進出保稅區實行臨時進口管理，半年必須辦理一次離境手續，手續繁瑣，耗時長，無法滿足跨國采購中心運作的需要。
　　另外，保稅區之間的物流監管及國內監管倉貨物進保稅區的混合拼裝方面存在的問題也影響了物流效率。
　　“對這種同屬于海關監管的區域之間或倉庫之間的物流，應該建立一種更簡便的海關監管手續。”高旭敏介紹，按照現行的海關監管模式，監管倉貨物還不能直接進保稅區拼裝，必須出境后復進口到保稅區方能進行，嚴重影響物流效率。
　　深圳市政府副市長、深圳市物流領導小組組長張思平介紹，至去年底，共有50家國際級船公司在深圳港開辟近遠洋國際集裝箱班輪航線168條，其中：美洲線63條（北美54條、南美9條），亞洲線47條，歐洲線49條，大洋洲線5條，非洲線4條。以深圳港為樞紐、覆蓋世界12大航區主要港口的國際集裝箱班輪航線結構進一步得到完善和優化。