在本次 “交通運輸業和部分現代服務業營業稅改征增值稅試點”過程中，涉及 “交通運輸業”和 “物流輔助服務”一些難題很快就暴露出來。不僅原來運輸業和倉儲業稅率統一的問題沒有解決，而且還造成企業稅負的實質性增加。據上海市倉儲協會調研測算，運輸企業稅改后稅負增加97%（假定加油費全部為增值稅發票），倉儲企業稅改后稅負增加了20%，裝卸搬運企業稅改后稅負增加了100%。筆者認為，這些問題盡快暴露出來未必不是一件好事。
    之所以說 “好事”是因為：一可以深化我們對物流業營業稅改征增值稅問題復雜性的認識；二可以在擴大試點范圍之前進一步完善 《實施辦法》的相關政策規定；三可以激發物流業各利益相關方積極探尋解決 “物流業稅收問題”包括營業稅改革在內的其他路徑；四是促使我們進一步研究物流業的經濟屬性和結構等事關物流業產業地位和可持續發展的基礎理論問題。
    稅制改革說到底是社會財富的再分配，牽一發而動全身。自1993年國務院頒布 《中華人民共和國增值稅暫行條例》以來，以分稅制和增值稅為標志的新稅制改革對推動我國經濟持續高速發展起到了積極的作用。在隨后的發展過程中，為更好地調節經濟利益關系，各種稅收或準稅收的優惠政策幾乎觸及到各行各業、方方面面，實際構成了對現行稅制的不斷微調。其中，屬于地方稅的營業稅在稅制微調中扮演了重要角色。
    但是，隨著經濟利益格局的變化，越是到后期，對稅制的微調越發顯得在 “螺螄殼里做道場”，難以適應經濟結構調整和可持續發展的需要，以至于近年來各界對 “減輕企業稅賦”、 “改革現行稅制”的呼聲一浪高過一浪。當經濟高速發展30年，有可能進入結構性陷阱，必須進行利益格局大調整的時候，僅對稅制做局部微調，作用將十分有限，勢必要求對稅制本身進行改革。
    可以認為，在上海市開展營業稅改征增值稅試點工作，實際就是按照國家 “十二五”規劃綱要確立的稅制改革目標，對深化稅制改革的一次有益探索。
    就目前的情況看，矛盾的焦點集中于稅率和進項抵扣問題。在稅率已經確定的情況下不宜朝令夕改，但交通運輸業與倉儲服務業等 “物流輔助服務”同屬于物流業的范疇應該是沒有爭議的。而在進項抵扣問題上似乎還有較大的回旋余地，但問題又相當復雜：政府部門要考慮縱向和橫向稅制的總體協調，稅收征管成本，以及相關風險控制等；運輸和倉儲企業界則要規范經營行為，加強基礎管理，提供精確的基礎核算數據。具體如何處理，主要取決于行政當局的稅改價值取向和稅收征管智慧。
    顯然，過多的 “打補丁”必然造成稅政管理成本的急劇上升和企業的無所適從。要理順物流業以至現代服務業稅制關系，非有頂層設計不可。
    為今之計，要使試點工作真正取得成效，以下幾個問題必須認真考慮：
    一是擴大試點范圍一定要慎重。
    二是根據倉儲運輸企業經營的勞務特點，將人工成本、路橋費、設施設備租金等納入進項稅額抵扣范圍 （只要能提供合法票據），并進一步完善固定資產折舊作為進項抵扣的方式，以充分反映其價值逐步轉移的特點。
    三是根據公認的物流業界定，把交通運輸業11%的增值稅稅率調整到物流輔助服務的6%，先統一物流業內部增值稅稅率，然后再根據試點結果對物流業稅制問題做總體評估和調整，這樣可使下一步試點擴圍更有基礎。
    四是進一步加快推進營業稅差額納稅試點工作，讓物流企業真正獲得稅制改革的好處，增強企業可持續發展能力。
    五是簡化物流業增值稅稅收征管方式。最簡單的征管才是最好的監管。